Trận động đất vào tháng 4 năm 2015 khiến bảo tháp Boudhanath bị hư hại nặng nề, vết nứt nghiêm trọng toàn bộ đến tận chóp. Do đó, toàn bộ cấu trúc phía trên mái vòm và các di tích tôn giáo mà nó chứa đựng phải được tháo gỡ ra, công việc hoàn thành vào cuối tháng 10 năm 2015. Việc tái thiết bắt đầu vào ngày 3 tháng 11 năm 2015 với việc đặt nghi thức sắp đặt của một cột trung tâm mới hay "cây sự sống" để đặt bảo tháp trên đỉnh vòm.[7]

Bảo tháp được mở cửa trở lại vào ngày 22 tháng 11 năm 2016. Việc cải tạo và tái thiết được tổ chức bởi Ủy ban Phát triển khu vực Boudhanath. Quá trình sửa chữa được tài trợ hoàn toàn từ nguồn kinh phí đóng góp bởi các cá nhân từ các nhóm và tình nguyện viên Phật giáo. Theo đó, công việc đã tiêu tốn 2,1 triệu đôla Mỹ và hơn 30 kg vàng. Công trình được sửa chữa chính thức được khánh thành bởi Thủ tướng Pushpa Kamal Dahal. Tuy nhiên, chính phủ Nepal đã bị chỉ trích vì tiến độ chậm chạp trong việc tái thiết các công trình di sản bị hư hại do động đất như đền thờ, với nhiều hạng mục chưa được sửa chữa.[8][9]